Matzerakis ist Leiter des • Zentrum für Medizin-Meteorologische Forschung, Deutscher Wetterdienst, Freiburg. Seine Arbeits- und Forschungsschwerpunkte sind Human-Biometeorologie, Stadtklimatologie, Klima und Tourismus, Klimafolgenforschung sowie die Entwicklung von Bioklimamodellen.